La commission SCoT joue le rôle de « garant de la mise en application du SCoT ». Elle vérifie donc la compatibilité des documents ou projets d'urbanisme tels que les PLU, certains Permis d'Aménager, les ZAC et les autorisations commerciales avec le SCoT.
La commission exprime donc un avis sur chacun de ces dossiers en tant que Personne Publique Associée (PPA).
Composition : Chaque commission est animée par un président et composée de représentants par intercommunalité.
La création et la composition de commissions sont décidées par le comité syndical.