Avec les techniciens, les Commissions préparent les projets et assurent leur mise en œuvre, une fois validés.
Le Syndicat a choisi de s'organiser autour de 6 Commissions thématiques :
Composition :
Chaque Commission est animée par deux Vice-Présidents et comprend deux représentants par Communauté de communes ; la Commission Culture-Patrimoine a deux représentants supplémentaires : un pour la commune de Vertou et un pour la commune de Basse-Goulaine.